É possível que muitas espécies tenham sido extintas sem mesmo terem sido catalogadas. Estima-se que 171 espécies de animais, sendo 88 de aves, endêmicas da Mata Atlântica, estão ameaçadas de extinção.

Segundo o relatório mais recente do Instituto Brasileiro de Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis – Ibama, entre essas espécies estão o muriqui, mico-leão-dourado, bugio, tatu, tamanduá entre outros.

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